医院设有胸部肿瘤内科、乳腺肿瘤内科、淋巴瘤及头颈肿瘤内科、腹部肿瘤内科、头颈肿瘤外科、胸部肿瘤外科、胃肠肿瘤外科、肝胆胰肿瘤外科、乳腺肿瘤外科、神经肿瘤外科、妇科肿瘤科、头颈肿瘤放疗科、胸部肿瘤放疗科、腹部肿瘤放疗科、肿瘤介入治疗科、中西医结合科、门诊部、放射诊断科、病理科、超声诊断科、核医学科、检验科、内窥镜室、药剂科、心肺功能室、输血科、放射治疗技术中心等临床科室和医技科室。
一、国家临床重点专科建设项目：肿瘤科。
二、福建省重点专科建设项目：中西医结合科、放射治疗科。
三、医院临床重点专科：头颈肿瘤放疗科、胸部肿瘤放疗科、腹部肿瘤放疗科。
一、优势病种：肺癌、食管癌、胸部肿瘤、乳腺癌、淋巴瘤、头颈肿瘤、恶性淋巴瘤、甲状腺及颈部肿瘤、口腔颌面肿瘤、鼻咽喉肿瘤、胃癌、结直肠癌、胸壁肿瘤、擅长胃癌、肠癌、胃肠道肿瘤、大/小脑半球胶质瘤、转移瘤、脑膜瘤、听神经瘤、颅咽管瘤、三叉神经鞘瘤、四脑室、侧脑室室管膜瘤、髓质母细胞瘤、血管母细胞瘤、皮肤癌、软组织肿瘤、子宫颈癌、卵巢癌、外阴癌。
二、优势技术：化学药物治疗、纤维支气管镜术、经皮肺穿刺活检术、靶向治疗、剂量密集化疗、同步化疗、序贯化疗、节拍化疗、腹腔镜辅助食管癌二野根治术、胸腹腔镜联合食管癌三野根治术、胸腔镜肺癌根治术、标准D2根治术、肠癌的全系膜切除术（TME）、肝癌切除手术、胆管癌根治术、胰十二指肠切除术、胃肠道肿瘤根治术、三叶切除术、肝尾状叶癌切除术、高位肝门部胆管癌切除术、腹腔镜全结肠切除术、乳腺癌改良根治术、乳腺癌保乳术、前哨淋巴结活检术、粒子插值放射、瘤腔内置Ommaya囊化疗、鼻咽癌调强放疗技术、NK/T淋巴瘤放射治疗术、晚期卵巢癌的手术、介入栓塞术、介入化疗术、射频消融术、生物导向介入治疗术、支架和滤器等植入术、胆道引流术。
